Harry harmadik tanévje sem zökkenőmentes, és ebben az évben sok-sok mindent megtudhat szüleiről és halálukról.
Harrynek sikerül ismét felforgatnia a Dursley család nyugalmát, ugyaniseljön hozzájuk Marge, Vernon húga, aki tiszta szívéből gyűlöli Harryt. Minden rendben megy addig, ameddig Marge el nem kezdi sértegetni Harry szüleit. Akkor a fiú felpuffasztja őt. Nem tehet mást, elmenekül "otthonából", majd felszáll a Kóbor Grimbuszra és azzal elmegy Londonba, a Foltozott Üsthöz.
Ott Cornelius Caramel, amágiaügyi miniszter közli vele, hogy nem csapják ki a Roxfortból, de csak az Abszol úton kószálhat, mivel megszökött egy gyilkos, Sirius Black az Azkabanból - a szuperbiztos varázslóbörtönből. Beszerzi az iskolai holmiait és nap mint nap visszatér a Kviddics a javából bolthoz, hogy megcsodálja a világ legjobb és leggyorsabb seprűét, a Tűzvillámot. Ronnal és Hermionéval csak a vakáció utolsó napján találkozik. Ron kapott egy új pálcát, mert az előző eltört, Hermione pedig vesz magának egy macskát, Csámpást, aki rögtön szemet vet az elég rossz bőrben lévő Makeszra. Harry este véletlenül kihallgatja Mrs. és Mr. Weasley beszélgetését, ami arról szól, hogy Sirius Black azért szökött meg Azkabanból, hogy megkeresse és megölje Harryt.
Másnap a King's Crossra minisztériumi autóval mennek. Harry a vonaton elmeséli barátainak a tegnap hallott beszélgetést. Jól kitárgyalják a témát, majd Roxmortsra terelődik a szó. Harry elmondja, hogy nagybátyja nem írta alá az engedélyét, így nem mehet le a faluba.
A vonat hirtelen megáll és kialudnak a lámpák.A vonatra egy pár csuklyás lény száll fel, és mikor Harryék fülkéjhéhez ér a fiú - miközben egy nő sikolyát hallja - elájul. Miután felébred, Lupin professzor, aki szintén az ő fülkéjükben volt, ad minden gyererknek csokoládét. Elmeséli nekik, hogy az a lény, ami bejött egy azkabani dementor volt.
A Roxfortban vacsora után Dumbledore professzor tájékoztatja a diákokat, hogy az iskola területén dementorok járőröznek. A tantestület idén két új taggal bővül: mostantól a szegényes öltözékű Lupin professzor tanítja nekik a sötét varázslatok kivédését, és Hagrid fogja tanítani nekik a legendás lények gondozását.
Másnap az első órájuk jóslástan, amit az Északi Toronyban tartanak. A három jóbarát a kissé agyalágyúlt lovag, Sir Cadogan segítségével találja meg az oda vezető utat. Sybill Trelawney, a jóslástantanár igen fura szerzet. Az első óra nem telik valami vidáman: teafűolvasásnál mikor Harry csészéjét fejti meg a professzor meglátja benne a Zordót, ami a halál előjele.Harryt nagyon elszomorítja a hír, de átváltoztatástan órán McGalagony tudajta vele, hogy kollégája szívesen jósolja meg minden évben egyik diákja halálát, ám eddig még senki sem halt meg.
Első legendás lényel gondozása óráján Hagrid máris bajba kerül: a hippogriffeket mutatja be és az egyik megtámadja Malfoyt, miután megsértette őt. Malfoynak csak a karja sérül, de ő úgy tesz, mintha majdnem belehalt volna a sérülésbe.
Sötét varázslatok kivédése órán a mumusokkal ismerkedenk meg. A mumus egy alakváltó lidérc, azt a külsőt veszi fel, ha találkozik valakivel, amitől az illető a legjobban fél. Harry először Voldemortra gondol, majd eszébe jut a vonatút és a dementor. Ám mikor Harryre kerülne a sor, hogy kiálljon a mumus ellen, akkor Lupin professzor eléugrik, megakadályozva, hogy a mumus Harryt vegye célba. A legtöbb diáknak gyorsan a sötét varázslatok kivédése lesz a kedevnc tantárgya.
Elérkezik az első roxmortsi hétvége. Harry még előtte megkérdezte McGalagony professzort, hogy nem engedélyezné-e neki, hogy lemenjen, de a tanárnő nem engedte. Magányosan járta a folyosókat, amikor Lupin professzor beinvitálja őt a szobájába. Megtudta, hogy miért nem állhatott ki a mumus ellen: mert Lupin azt feltételzte, hogy a mumus Voldemort alakját vette volna fel. Harry csodálkozott azon, hogy Lupin ki merte mondani a rettegett nevet.
Ron és Hermione visszatérnek Roxmortsból, sok-sok finomságot hozva Harrynek. A díszvacsorán mindenki jó hangulatban volt - Hermione és Ron mindenből kétszer ettek. pedig ők degeszre tömték magukat a faluban - a szellemek még fel is léptek. A Griffendél torony bejáratánál óriási tömeg van, senki sem megy be a klubhelyiségbe. Mint kiderült: valaki brutálisan szétszabdalta a Kövér Dáma portréját. Hóborctól kellett megtudniuk, hogy a szétszabdaló Sirius Black volt. Az összes roxfortos diák a Nagytermeben alszik, hálózsákokban. A tanárok és a prekektusok átkutatják az egész iskolát, de Black addigra már megmenekült. A Dáma helyét Sir Cadogan veszi át.
Mivel Malfoy karja még mindig "sérült", ezért nem tud kiállni a Griffendél elleni kviddicsmeccsen. Ennek következtében a Hugrabug ellen fognak kiállni, akinek új csapatkapitánya és fogója van: Cedric Diggory. Wood Minden szünetben odarohan Harryhez, hogy jótanácsokkal lássa el őt. Egyszer olyan sokáig szónokolt neki, hogy tíz percet késett a sötét varázslatok kivédése óráról, amit nem Lupin professzor tart, hanem Piton, mert Lupin professzor gyengélkedik.
A másnapi kviddicsmeccsen nagyon nagy vihar támad. A Griffendél ötven ponttal vezetett, amikor vagy száz dementor jelenik meg a pálya kellős közepén. Harry most két ember hangját hallja, és utána leeseik a seprűjéről. Harry a gyengélkedőn ébred fel. Barátai tejlesen megrémültek, azt hitték, hogy szörnyethelt. Sajnos a meccset elvesztették, és ami még rosszabb: Harry seprűje nekiment a fúriafűznek és ripityára tört. Amíg a gyengélkedőn volt, Harry sokat töprengett, hogy kiknek a hangját hallja és rájött, hogy édesanyja utolsó szavai voltak, miközben Voldemortnak könyörög, hogy ne ölje meg Harryt. Malfoy a Griffendél vereségének "tiszteletére" leveszi a karjáról a kötést.
Ismét eljön egy újabb roxmortsi hétvége és a Weasley ikrek egy ajándékot tartogatnak Harry számára: egy olyan térképet adnak neki, ami tartalmazza az összes Roxfortból kvezető titkos járatot, és hogy hogyan lehet rajtuk átmenni. Harry a Tekergők térképe segítségével lemegy Roxmortsba, találkozik Hermionéval és Ronnal, majd betérnek a Három Seprűbe egy vajsörre. Ott kihallgatják McGalagony, Hagrid, Flitwick, Caramel és Madam Rosmerta beszélgetését: Hary szüleit Black árulta el Voldemortnak, mert ő volt a titokgazdájuk, mivel Sirus James legjobb barátja volt. És ami még rosszab: Sirius Harry keresztapja. Az árulás utáni napon a minisztérium emberei is keresték Black-et, de James másik barátja, Peter Pettigrew előbb találta meg őt, és mivel nem tudott rendesen párbajozni Black könnyűszereel megölt őt és még egy tucat muglit.
Eljön az ajándékosztás napja. Harry nem hisz a szemének: egy ismeretlen személytől megkapja a Tűzvillámot! A karácsonyi ebéden csak tizenhárman vesznek részt, a többiek otthon töltik az ünnepeket. Harry és Ron, miután végeznek az evéssel, felszaladnak a klubhelyiségbe, hogy tovább csodálják a Tűzvillámot. Hermione McGalagonnyal tér vissza, aki elveszi Harry seprűjét, hogy szétszedjék és rontásokat keressenek rajta. Ezért a fiúk összevesznek Hermionéval.
Mint ahogy Lupin megígérte, Harrynek tart egy kis dementorűző-órát. Megtanítja őt a patrónus-bűbájra, mely védőpajzs közte és a dementor között. Egyik próbálkozásánál édesapja hangját is hallja. Ron és Hermione barátsága úgy tűnik örökre befellegzett, mert Ron azt állítja, hogy Csámpás felfalta Makeszt.
A Griffendél a következő kviddicsmeccsen a Hollóhát ellen játszik: Harrynek rögtön feltűnik Cho Chang, a csinos fogójátékos. A meccs nagyon rövid és Harry kapja el a cikeszt, ami azt jelenti, hogy a bajnokságban a második helyre kapaszkodtak fel. A Griffendél hatalmas buliba kezd, aminek McGalagony vet véget. Ron az egész klubhelyiséget felriasztja az üvöltésével, mert Sirius Black egy késsel hadonászott fölötte. Időközben a Dáma visszakerül eredeti helyére.
Elérkezik a kviddicsdöntő: Oliver vagy százszor elmondja Harrynek, hogy csak akkor kaphatja el a cikeszt, ha több, mint ötven ponttal vezetnek. És elkezdődik a meccs: a Griffendél parádésan játszik, gyorsan meglesz az ötven pont. Malfoy látja meg előbb a cikeszt, de Harry félrelöki a kezét és elkapja a cikeszt! Bajnok lett a Griffendél majd nyolc év után!
Sajnos Hagridnak rossz híre van: Csikócsőrt ki fogják végezni. Hagrid kéri őket, hogy ne menjenek le, de a trió mégis lemegy hozzá - a köpenyben. Hermione egy kancsóban megtalálja Makeszt, aki még rosszabb állapotban van. Megérkezik a bizottság embere, Dumbledore, Caramel és egy hóhér, majd Hagrid kitassékeli barátait a hátsó ajtón. Miközben visszafelé tartanak hallanak egy suhintást amjd egy tompa puffanást: Csikócsőrt kivégezték...
Makesz teljesen megőrült, alig lehet tőle haladni. Megtámadja őket
 egy fekete kutya, aki magával vonszolja Ront a fűraifűzhöz és leviszi őt, az ott található titkos alagúton, ami nem máshoz, mint a Szellemszálláshoz vezet. A kutyáról kiderül, hogy egy animágus, Sirius Black. Megjelenik Lupin is, akiről kiderül, hogy vérfarkas és a Szellemszállást és a fűriafűzt miatta csinálták. Majd együtt elmesélok Harrynek, hogy Sirius nem azért jött, hogy Harryt ölje meg, hanem hogy az igazi árulót ölje meg, Peter Pettigrew-t, az animágust. James, Sirius és Peter Lupin miatt lettek animágusok, hogy segítsenek neki az átváltozásában. James Ágas, egy szarvas, Sirius Tapmancs, egy kutya és Peter Féregfark, egy patkány lett. És az a patkány nem más, mint Makesz. Közben Piton is csatlakozik hozzájuk, aki be akarja vinni Blacket a kastélyba, hogy elvégezzék rajta a dementor-csókot, ami még a halálnál is rosszabb. Harry, Ron és Hermione egyszerre mondják rá a lefegyverző átkot, mire Piton elájul. Harryt sikerül meggyőzni, hogy Sirius ártatalan, majd Lupinnal meg akarják ölni Petert, de Harry inkább át akarja adni őt a dementorokhoz. Sajnos Lupin professzor átváltozik vérfarkassá és Peter elkábítja Ront, majd megszökik. Siriust megtámadják a dementorok, Harry és Hermione a segítségére siet, de egfyikőjük sem tud egy rendes patrónust megidézni.
A gyengélkedőn ébrednek fel: Siriuson végre akarják hajtani a csókot. Caramel és Piton nem hiszi el Harry és Hermione "meséjét" Pettigrew-ról, csak Dumbledore hisz nekik. Hermione Időnyerője segítségével visszautaznak az időben, és megmentik Csikócsőrt és vele repülnek el Siriusért Flitwick szobájához.
A vonatúton fény derül, hogy hogyan járt el Hermione az összes órájára: ő is visszautazott az időben. Harry kap egy levelet a keresztapjától, amiben leírja, hogy jól elbújt Csikócsőrrel és küld egy engedélyt, avel Harry legálisan látogathatja Roxmortsot! A kis baglyot, ami a levelet kézbesítette, Ronnak odaadja, hosz miatta vesztette el a patkányát. Majd a levéllel a kezében visszatér a mugli világba.